Im Bereich der angewandten Forschung werden zwei Forschungsschwerpunkte und zahlreiche größere Einzelprojekte betreut. Einige dieser Projekte werden in Kooperation mit Partnern, z.B. Bundes- und Landesforschungsanstalten, Landwirtschaftskammern, Universitäten sowie der Industrie durchgeführt.
Der interdisziplinäre Forschungsschwerpunkt 'Bodenökologie, Bodenbearbeitung, Bodenschutz' besteht seit 1998, der interdisziplinäre Forschungsschwerpunkt 'Körnerleguminosen' wurde 2004 vom Ministerium für Wissenschaft und Forschung anerkannt. In der laufenden Forschung nehmen Projekte zur nachhaltigen Weiterentwicklung der Tierhaltung mit den Schwerpunkten Tierhygiene und Tierwohl einen bedeutenden Raum ein.
Der seit 2013 bestehenden Kompetenzschwerpunkt "Landwirtschaft in Ballungsräumen", in dessen Rahmen eine Aquaponik-Pilotanlage betrieben wird, ist innovativen Betriebsmodellen und Produktionssystemen der Urbanen Landwirtschaft gewidmet. Im In-Institut i.green (Institut für Green Technology & Ländliche Entwicklung), das eng mit dem Fachbereich kooperiert, werden Fragen des Ländlichen Raumes und agrarnaher Umwelttechnologien bearbeitet.
Weitere zahlreiche Einzelprojekte werden in den Fachgebieten Agrarökonomie, Land- und Verfahrenstechnik, Pflanzliche Produktion, Phytomedizin sowie der Tierhaltung, durchgeführt